JCount1.05からxdoc2txtを使用してPDFがカウントできるようになりましたが、
暗号化されているPDFについては「encrypted.」とだけ出力されます。
これについては同梱しているxdoc2txt.txtのAdobe PDFの項目に説明がありますので
そこから引用します。
・暗号化されたPDFに対応していません。ただし、別途暗号化モジュール cryptlib.dll を http://www31.ocn.ne.jp/~h_ishida/KWIC.html からダウンロードして解凍し、 xdoc2txtのインストールディレクトリに入れると、パスワード無で暗号化されたPDFに ついては検索・表示できるようになります。PDF1.4の128bit暗号にも対応しています。 ただしcryptlib.dllの使用は個人・教育用途に限定されます。
とのことですので作者の意図した範囲内で御利用下さい。